柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目...

拥有大量资产的神户家少爷大助前往赴任之处，是仅会接收在警视厅引发问题之人的「现代犯罪对策本部准备室」，通称「现对本部」。大助在那里与重视人情的男人·加藤春组成了搭档。面对连人命都以价钱衡量的大助，加藤以「世上并非只有金钱」加以反驳。而各种各样的事件和谜团，阻挡在这对立的2人面前。超越常识的搜查现在开始——！...