一直以来，假面骑士和超级战队守护着地球的和平，但这段历史即将被颠覆。假面骑士Decade成为“大修卡”的大首领向超级战队发动进攻，豪快红亦成为“大残虐”的大帝王对决假面骑士。而在两个组织的干部口中，提及着神秘的“大机器计划”……为了搞清楚这场战争的来龙去脉，假面骑士Fourze和Go-Busters乘坐Den-Liner回到过去……...

两起同时发生但相距甚远的死亡事件引起了刑事课刑警中冈祐二（玉木宏 饰）的注意，两名死者均为硫化氢中毒死亡，并且两名死者生前互相认识。为了解开案件的真相，中冈走访了化学专家青江修介（樱井翔 饰），青江教授认为，如果这两起案件是同一人所为，那么他必须精准掌控要求非常苛刻的作案时刻，从科学理论上来说，这是完全不可能成立的事情。之后，青江教授遇见了名为羽原圆华（广濑铃 饰）的女子，圆华自称是一名超能力者...