这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机...

雨夜，雷伊（约翰•盖兹 John Getz 饰）跟艾比（弗兰西斯•麦克多蒙德 Frances McDormand 饰）在酒店偷情。雷伊是酒吧伙计，而艾比则是酒吧老板玛迪（丹•哈达娅 Dan Hedaya 饰）的妻子。玛迪怀疑妻子出轨，因此雇佣侦探维斯调查。知悉真相的玛迪怒不可遏，潜入雷伊家，企图绑走妻子，却在厮打中受伤。玛迪密会维斯，决定花钱做掉二人。维斯潜入雷伊家翻到了艾比的手枪。回来后，维斯给...

年轻的科学家塞斯（杰夫•高布伦 Jeff Goldblum 饰）刚刚发明一台能传送物体的“电动传送机”，这台机器能将物体分解，传送完成后再自动合成还原。兴奋不已的塞斯决定亲自体验一下电动传送，于是，他进入了传送仓。不幸的是，一只苍蝇这时也飞进了传送仓，于是，在机器将分解 后的塞斯的分子再合成时，将苍蝇的分子也合成到了塞斯的体内。塞斯成了拥有一半苍蝇基因的蝇人。起初，塞斯的身体就像蜘蛛侠一样变得强...

一次偶然中，四海为家的流浪汉比尔（詹姆斯·贝鲁什 James Belushi 饰）遇见了孤苦伶仃流落街头的九岁女孩苏（Alisan Porter 饰），比尔灵机一动收留的苏，和她组成了“搭档”，靠着在街头招摇撞骗勉强糊口。一天，女律师格蕾（凯莉·林奇 Kelly Lynch 饰）成了比尔和苏的下一个目标。让比尔感到吃惊的是，格蕾是一个真正的“好人”，她不仅打心眼儿里同情苏的境遇，甚至将他们领回了...