立山国际高中的白羽由希奈，在三人面谈后追赶暴风雨般离开的母亲·洋海为了送还遗忘的智能手机，朋友荻布美夏也一起到母亲的工作场所黑部研究所去。在大厅里顺利的把智能手机交给了母亲，相识的研究人员、荒俣稔等人说着的话的时候突然火球飞来了，产生的冲击波将研究所的窗户玻璃震碎了。在警报鸣响的研究所地基内，身份不明的侵略者同警备员们展开战斗，打算到地下避难的由希奈的目光停留在了实验室里方块发出的奇怪的光上。...

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲...

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命...

20世纪90年代的半架空世界里，美苏两国的冷战仍在持续。此时一种被称为“Arm Slave”的人形机动兵已成为军队主力，与之相关的新技术受到各方势力的觊觎。佣兵化军事组织“秘银”拥有强大AS军队，负责打击国际恐怖行为。隶属于其下SRT分队的相良宗介（关智一 配音）中士在战场上强悍勇猛。某日他受到上级指派，与队友梅丽莎、克鲁兹一同前往日本执行保护任务。这次他们的保护对象是元气十足的高中少女千鸟要（雪...

奥村磷（冈本信彦 配音）自幼被神父藤本狮郎（藤原启治 配音）收养，某一日，磷发现了自己其实是撒旦之子的秘密，之后养父的惨死让磷下定居心走上了驱魔师的道路。磷所存在的世界被分为“物质界”和“虚无界”两大空间，人类生存于物质界，在虚无界中，则徘徊着凶残暴戾的魔鬼。身边接连发生的伤害事件让磷逐渐发现，某些虚无界的恶魔，趁虚而入潜入了人类世界。为了伸张正义保护同类，磷果断的担负起了驱魔的职责。在弟弟奥村...