幸存者们发现岛上存在神秘建筑入口，在杰克（马修·福克斯 Matthew Fox 饰）的带领下进行探索，强制进入舱门后，发现里面竟然有人，且是杰克曾经在现实中有过一面之缘的戴斯蒙德（亨利·伊恩·库斯科 Henry Ian Cusick 饰），如同看到救星一般，戴斯蒙德留下一串数字密码便跑掉了，而杰克一行则需要接替他的任务——每隔108分钟输入密码以关掉警报。在舱门中，幸存者们找到充足食物，也由一卷录...

第三季的后半部分，掌握着Ben的生死的Jack似乎占据了优势。他要求释放Kate和Sawyer，让他们平安返回小岛，而他将留下来。但Jack真实的动机是什么呢？Kate终于在Jack和Sawyer之间作出了选择，她的感情是真实的吗？Juliet作出了一个危险的决定。Eko死后，Locke 对岛上之谜的探求使Sayid相信，他的动机并不是幸存者。Sun和Jin在庆祝新生命的到来，孩子究竟是不是Jin...