进入21世纪已有近20年，在人们已忘记了妖怪存在的现代。科学无法解明的现象频发，流言飞语散布各处，大人们只能疲于奔命。希望想办法解决这一情况而写信给妖怪信箱的13岁少女·真奈的面前，随着咔哒咔哒的木屐响声，鬼太郎来到了…。...

现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，企图从网络一侧控制人类的世界。...