故事讲述住在诺斯特拉达姆斯邻镇的努斯特拉达马斯留下了一个预言：“在 20 和 23 并列的年份，天上会降下两道光芒。一道是黑暗之光，另一道是小小的白光……不久，黑暗之光就会拥有强大的力量，扰乱和平，给世界带来巨大的混乱。”然后 2023 年夏天，两道光从宇宙接近。等待晚饭的新之助被白色的光击中了，身体充满不可思议的力量。“屁股……屁股热乎乎的……”一用力，玩具就会漂浮在空中！这是才能利新之助诞生...

　　小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。　　《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此...

动感超人的动感石头被泳装魔王抢走了，因而无法回到原来的世界，于是指派小新一家人成为动感战士前往另一个世界，这时另一个世界的人纷纷被变成泳装人，小新听了莉莉和博士的说明后，决定协助动感超人克服危机，他和动感超人能打败魔王挽救地球的和平吗......

每天入夜，当春日部的居民们酣然入睡之后，他们都会来到一个神奇而又美丽的梦中世界中。在那里，他们可以实现一切想要实现的愿望，满足一切渴望满足的要求，这个梦中的世界充满了快乐和幸福。某日，一个名为贯庭玉崎的女孩跟父母一起搬来了春日部市，成为了这个城市中的新的一份子。然而，从那一天开始，大家就再也没有做过美梦了。那个曾经温暖的梦中世界，如今充满了痛苦、悲哀和恐惧，而梦境中的灾难亦渐渐延续到了现实之中。...

某日，小新（矢岛晶子 配音）在街上遇见了一只黑色的小狗，因为它和小白犹如一个模子里刻出来一般相像，小新将它取名“小黑”，带回了家。之后，一位名叫普莉林的美丽女子出现在小新的面前，普莉林告诉小新，他是被选中的勇者，黑暗世界库莱顿的大门已经打开，若小新再不行动，整个世界就将要被卷入阴谋和毁灭之中。果不其然，美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）接连遭遇不幸，这说明，黑暗的力量变得越来越强大...

某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。在酒吧里，小新找到了风间，可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后，小新邂逅了名为小椿（齐藤彩夏 配音）的女孩，她不仅屡屡向小新一行人伸出援手...

这天在小新居住的春日部附近，突然新开了一家叫“20世纪博”的游乐园。游乐园里到处播放着从前20世纪的旧的电视节目和电影，这里，一切都是从前时光的回放。每一个到了这里的大人，都沉浸在过去的旧时光里，而对小孩子来说，这些的东西一点意思都没有。令小新万万想不到的是，进入了游乐园的爸爸妈妈都不在理会其他事情，只是一直沉醉在以往的时光里。城里的大人们都进去了，只剩下了小孩子！这到底是谁的阴谋，小新他们能否粉...

某一晚，野原一家同时梦见了古装剧里才会出现的”古代美女”，虽然全家人都觉得很不可思议，却也没有深入追究。当天下午小新从幼儿园回来时，看到小白正在庭院里拼命挖洞，而当小新也跟着开始挖掘后，竟然挖出了一个箱子，里面放有小新亲笔写的书函，除了写有天正2年的字眼外，还画有肥嘟嘟左卫门的图案。小新由于摸不着头绪而闭上眼睛思考，却在睁开眼时发现自己已经身处在一个战国时代，并阴错阳差救了武士，更因此得以见到了梦...

小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船.........

小新一家去冲绳旅行，本来是平凡的一天，然而小新的宠物小白却突然沾上了一枚威力强大的炸弹！这个炸弹是被奇异的外星生物“屁股星人”遗留下来的，其力量足以毁掉整个地球。全球65亿人的注意力都集中在了一只小狗身上！面对来自宇宙监视中心和美女恐怖集团白黑两道对小白的争夺，小新挺身而出誓死保护小白！...