5岁的宗介生长在海边小城，他的家就在临海的悬崖上。一天，宗介捡到了一个被海浪冲上岸的废玻璃瓶，里面有条受困的小金鱼。小金鱼名叫波尼，她是人鱼女王的女儿，偷偷驾着水母溜出来玩的时候撞进了瓶子里。宗介把波尼带回了自己家，养在塑料盆里。波尼在宗介家过得很愉快，她很喜欢宗介，宗介也喜欢她。然而，快乐的日子很快就过去了，波尼的爸爸藤本把女儿带回了海底。藤本原是一个魔法师，后来和人鱼女王相爱成了海底的住人。 ...

近未来，日本政要为了推进社会的发展，宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士（长岛一茂 饰）参与其中，谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后，光明寺博士不明不白死于事故，身后留下了正上大学的女儿美津（佐津川爱美 饰）以及还未成年的儿子小胜（池田悠斗 饰）。某个夜晚，姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持，危机时刻一名神秘男子出手...

故事背景设定在太平洋战争中后期，日本海军在中途岛海战中被美海军大败；第一机动舰队4艘航母被击沉；联合舰队司令长官山本五十六大将战死，太平洋上各岛屿的日军守备部队先后覆没，日海军处于严重不利的形势。昭和19年（公元1944年）的春天，特别少年兵部队的神尾怀着对大和号的憧憬，登上了超弩级战列舰“大和”号的甲板，当时的大和号是日本国民和军人的希望与象征。神尾忍受了舰上严酷的训练，然后迎来了他的第一次实...