背景設定在史前一萬一千五百年前，有一個名為瓦斑的大陸沈沒了。瓦斑人於是在地底建立了他們的都市，並開始在地底生活。直到二十世紀，古代怪獸復活，加上宇宙人入侵地球，瓦斑人的長老就派遣主角·米沙基到地面世界，亦把變身用的火焰棒交給他。米沙基把身份轉變成古生物及地質學研究生岬大介，並加入組織SAF，以火焰超人的真身，為保護地面世界而戰。...

有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。在此戰役中，諸星團因傷重而瘸腿，且損壞了奧特眼鏡，便再不能夠變身成賽文了。因此，他誠邀鳳源（雷歐奧特曼）加入MAC，並委以保衛地球的重任。...